本實驗室采用學術委員會指導監督下的實驗室主任負責制。學術委員會是實驗室最高學術機構，其成員由國内知名專家和學者組成，主要職責是根據國内外生态安全領域的研究的發展動态，确定實驗室研究方向，審定實驗室開放課題申請指南及開放課題，評價實驗室研究成果，決定有關實驗室發展的重大問題。實驗室制定有學術委員會工作條例。本實驗室設主任一名。實驗室主任在學術委員會指導下，協調各項工作。全權負責實驗室的組織管理、建設計劃實施、科學研究和學術交流活動、儀器設備的運行和維護、人員聘任、财務開支、保密安全及環境衛生等行政和業務管理工作。

具體組織架構如下圖所示：

實驗室由固定科研人員及流動科研人員組成。固定科研人員以學科、學術帶頭人為主。其他受聘人員，包括研究生，作為流動科研人員經實驗室主任核準後進入，其相關費用由課題組負擔。

實驗室設立三個研究方向，組成三個研究團隊，每個研究團隊由方向帶頭人負責。方向帶頭人協助實驗室主任完成該方向的建設，協調各項工作。實驗室還可以根據項目研究需要設立或取消創新小組。實驗室為創新小組的集體攻關提供便利條件。

實驗室下設辦公室，設辦公室主任1名，輔助實驗室主任做好實驗室日常管理工作、大型儀器的對外開放工作、财務管理工作及其它相關工作。

實驗室奉行“開放與聯合”的方針，争取與國内外著名大學、研究機構和企業等聯合共建實驗室。共建實驗室負責人要負責實驗室的運行，協助實驗室主任完成科研成果的轉化及其它工作。

（此條編輯最近執行于2023.4.25）